Pantić llega al Atleti ya veterano en la temporada 1995-1996, procedente del fútbol griego. Pronto se muestra como el futbolista más decisivo de la temporada del Doblete, pues el Atleti consigue a balón parado muchos de sus puntos, ya sea en forma de goles, o gracias a esos saques de esquina que, años después, aún homenajean los ramos de flores de doña Margarita. Suyo es aquel cabezazo con el que el Atleti derrota al FC Barcelona y conquista la Copa del Rey en 1996. Un año después, es el máximo goleador de la Champions League, el único jugador atlético que lo ha conseguido. La temporada 1997-1998 es la última que juega en el Atlético de Madrid y después ficha por el Le Havre francés.